의제매입세액 공제 계산 시, 면세 농산물 등을 원재료로 하여 제조·가공한 재화 또는 창출한 용역의 공급에 대하여 과세되는 경우에만 의제매입세액 공제가 가능합니다. 따라서 면세로 매입한 농산물 등을 그대로 면세 매출로 판매한 경우에는 의제매입세액 공제 대상에 포함되지 않습니다.
의제매입세액 공제는 부가가치세가 면제되는 농산물 등을 원재료로 사용하여 과세되는 재화나 용역을 생산·공급하는 사업자에 대해, 실제 부담한 부가가치세는 없지만 일정 비율을 매입세액으로 공제해 주는 제도입니다. 공제 대상이 되는 공급가액은 과세표준에 해당하는 금액이며, 면세로 공급한 가액은 포함되지 않습니다.