실제 거래가 있었으나 세금계산서에 오류가 있는 경우, 해당 오류의 내용과 정도에 따라 매입세액 공제가 가능할 수도 있고 불가능할 수도 있습니다. 일반적으로 세금계산서의 필요적 기재사항(공급자 등록번호, 공급받는 자 등록번호, 공급가액과 부가가치세액, 작성연월일) 중 일부가 누락되거나 사실과 다르게 기재된 경우 매입세액 공제가 제한될 수 있습니다.
하지만, 거래 사실이 객관적으로 확인되고 오류가 경미한 경우에는 공제가 허용될 여지가 있습니다. 예를 들어, 공급받는 자의 등록번호가 사실과 다르게 기재되었더라도, 실제 거래 사실이 확인되고 명의 위장 사실을 알지 못했으며 알지 못한 데 과실이 없음을 입증하면 매입세액 공제가 가능할 수 있습니다. 또한, 계약 해제나 재화 환입 등 특정 사유로 인해 수정세금계산서를 발급받는 경우에도 매입세액 공제가 가능합니다.
그러나 가공세금계산서(실제 거래 없이 발급된 세금계산서)로 판정될 경우에는 매입세액 공제가 불가능하며, 가산세 부과 및 법인세/소득세 추징 등의 불이익이 발생할 수 있습니다.
따라서 세금계산서 수취 시에는 반드시 필요적 기재사항이 정확하게 기재되었는지 확인하고, 오류가 발견될 경우 즉시 수정하거나 거래 사실을 입증할 수 있는 자료를 확보하는 것이 중요합니다.