통합고용세액공제 적용 후 상시근로자 수가 감소하여 추징 대상이 된 경우, 이미 공제받은 세액에 상당하는 금액을 납부해야 합니다. 이 경우, 이월된 세액공제액이 있다면 해당 이월액에서 먼저 차감한 후, 남은 금액을 납부하게 됩니다. 즉, 이월된 세액공제액이 추징 대상 금액보다 크거나 같으면 추가 납부할 세액이 없을 수 있습니다. 하지만 이월된 세액공제액이 추징 대상 금액보다 적다면, 그 차액만큼을 납부해야 합니다.
관련 법령에 따르면, 세액공제를 받은 후 상시근로자 수가 최초 공제 연도에 비해 감소한 경우, 감소한 과세연도부터는 세액공제 적용이 중지됩니다. 이때 공제받은 세액에 상당하는 금액(이월된 공제액을 차감한 후의 금액)을 소득세 또는 법인세로 납부해야 합니다.