권리금을 지급한 양수자가 세금계산서 등 적격 증빙을 수취하지 못한 경우, 원칙적으로 비용 처리가 어렵습니다. 다만, 권리금 계약서와 자금 이체 내역 등 권리금 지급 사실을 객관적으로 증명할 수 있다면 비용 처리가 가능할 수 있습니다. 이 경우, 적격증빙 미수취 가산세(2%)가 부과될 수 있으며, 권리금을 지급한 자는 원천징수 의무를 이행하지 않은 것에 대한 가산세 및 미징수 세액까지 부담할 수 있습니다. 또한, 권리금을 지급받은 자는 소득 누락에 대한 불이익을 받을 수 있으므로, 거래 당사자 모두 세법 규정에 따라 적격 증빙을 수취하고 원천징수 의무를 이행하는 것이 중요합니다.