정부출연금을 받은 연구개발 프로젝트에서 세액공제를 받으려면 어떻게 해야 하나요?

정부출연금을 받아 수행한 연구개발 프로젝트의 경우, 해당 출연금으로 지출한 연구개발비는 원칙적으로 세액공제 대상에서 제외됩니다. 다만, 연구개발비 세액공제 적용 가능 여부는 해당 출연금의 성격과 집행 방식, 관련 법령의 구체적인 요건 충족 여부에 따라 달라질 수 있습니다.

세액공제 대상에서 제외되는 경우:

• 국가, 지방자치단체, 공공기관 등으로부터 연구개발 목적의 출연금 등을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액은 세액공제 대상에서 제외됩니다. (조세특례제한법 시행령 제9조 제2항 제2호)
• 조세특례제한법 제10조의2에 따라 연구개발 관련 출연금을 지급받아 연구개발비를 지출한 경우, 해당 출연금으로 지출한 부분에 대해서는 세액공제를 받을 수 없습니다. (법인세과-411, 2012.06.22)

세액공제 적용 가능성이 있는 경우:

• 정부출연금을 포함하여 자체 부담금 등으로 국책연구과제를 수행하고, 연구과제 완료 후 기술료 등을 납부하는 조건으로 결과물을 법인이 소유하는 경우, 출연금을 익금에 산입한 금액 중 조세특례제한법 시행령 별표 6에 해당하는 비용은 연구·인력개발비 세액공제 대상이 될 수 있습니다. (국세청 2009. 7. 6.자 법인세과-771)

정확한 적용 여부는 해당 출연금의 구체적인 계약 내용, 집행 내역, 관련 법령의 개정 내용 등을 종합적으로 검토해야 하므로, 세무 전문가와 상담하시는 것이 좋습니다.