연구개발 용역을 제공하고 세금계산서를 발행하는 경우, 해당 세금계산서에 기재된 부가가치세는 매출세액으로 신고해야 합니다. 만약 연구개발 비용에 대해 매입세액 공제를 받고자 한다면, 해당 비용이 사업과 관련하여 발생한 적격 증빙(세금계산서, 계산서, 신용카드 매출전표, 현금영수증 등)을 갖춘 경우에 가능합니다.
세금계산서는 재화 또는 용역의 공급 시점에 발급하는 것이 원칙입니다. 만약 공급 시기가 불분명한 경우에는 사용승인일 등 특정 시점을 기준으로 발급해야 합니다. 공급시기 이후에 세금계산서가 발급된 경우, 해당 매입세액 공제가 거부될 수 있습니다. 또한, 연구개발비 중 정부 출연금은 매출 신고 시 과세표준에 포함되지 않습니다.
간이과세자의 경우, 세금계산서 발급 의무가 부여된 간이과세자가 세금계산서 대신 신용카드 매출전표 등을 발급하는 경우 세금계산서 관련 가산세는 부과되지 않습니다. 그러나 예정신고 의무가 있는 간이과세자가 예정신고를 누락하면 무신고 가산세가 부과될 수 있습니다.