모회사가 자회사에 직원을 파견하고 해당 직원의 인건비를 자회사로부터 보전받는 경우, 이는 일반적으로 부가가치세 과세 대상인 인력공급업으로 보지 않아 세금계산서 발행 대상이 아닙니다.
과거에는 이러한 경우 부가가치세가 과세된다는 예규가 있었으나, 조세심판원의 결정례와 국세청의 입장을 종합하면, 그룹 내 계열사 간의 직원 파견이 영리 목적이 아닌 효율적인 경영 관리나 인력 교류 활성화를 위한 것이라면 부가가치세 과세 대상에서 제외됩니다. 따라서 이 경우 세금계산서를 발급하고 부가가치세를 거래징수할 필요가 없습니다.
다만, 실제 파견의 목적, 인건비 정산 방식 등 구체적인 사실관계에 따라 판단이 달라질 수 있으므로, 정확한 검토를 위해서는 세무 전문가와 상담하시는 것이 좋습니다.