중소기업 제조업 법인의 경우, 의제매입세액공제 한도는 과세표준의 30%입니다.
의제매입세액공제는 면세 농산물, 축산물, 수산물, 임산물 등을 원재료로 사용하여 과세 재화를 제조·가공하거나 용역을 제공하는 경우, 해당 매입분에 대해 일정 비율만큼 매입세액을 공제받을 수 있는 제도입니다.
중소기업 제조업 법인에 적용되는 공제율은 면세 매입액의 4/104 (4%)입니다. 하지만 이 공제율에 더해, 해당 과세기간에 면세농산물 등과 관련하여 공급한 과세표준(매출액)의 30%를 곱한 금액을 한도로 합니다.
예를 들어, 과세표준이 1억원이고 면세 농산물 매입액이 5천만원이라면, 공제율 4%를 적용한 의제매입세액은 200만원(5천만원 * 4%)입니다. 하지만 한도액은 3천만원(1억원 * 30%)이므로, 200만원 전액을 공제받을 수 있습니다. 만약 면세 농산물 매입액이 10억원이라면, 공제율 4%를 적용한 의제매입세액은 4천만원이지만, 한도액 3천만원을 초과하므로 3천만원만 공제받을 수 있습니다.
참고로, 2025년 12월 31일까지는 법인사업자의 경우 공제 한도가 50%로 확대 적용되었으나, 2026년부터는 다시 30%로 축소될 예정입니다.
정확한 공제 한도 계산은 사업장의 구체적인 상황 및 관련 법령 개정 여부에 따라 달라질 수 있으므로, 세무 전문가와 상담하시는 것이 좋습니다.