법인세법상 주식발행초과금을 자본에 전입하면서 발행법인이 자기주식을 보유하고 있어 자기주식에 배정될 무상주가 다른 주주에게 배정되어 주주 지분율이 증가하는 경우, 해당 증가분에 상당하는 주식 가액은 원칙적으로 의제배당으로 과세되지 않습니다.
이는 주식발행초과금이 일반적으로 과세되지 않는 자본잉여금에 해당하며, 자본전입 시 무상주를 받더라도 주주가 보유하는 총 주식의 가치나 비율에 실질적인 변동이 없다고 보기 때문입니다. 다만, 예외적으로 채무의 출자전환과 관련된 주식발행초과금 등은 과세될 수 있습니다.
관련 법령에서는 법인이 보유한 자기주식에 대한 무상주를 다른 주주가 배정받는 경우, 그 주식 가액을 의제배당으로 보도록 규정하고 있으나, 이는 주식발행초과금의 경우와는 달리 해석될 여지가 있습니다. 따라서 구체적인 사실관계에 따라 과세 여부가 달라질 수 있으므로 전문가와 상담하시는 것이 좋습니다.