차량 통행료의 부가가치세 매입세액 공제 가능 여부는 통행료를 징수하는 사업자에 따라 다릅니다.
한국도로공사 및 부산시설공단 등 면세 사업자: 이들 사업자가 제공하는 고속도로 및 유료도로 이용료는 부가가치세가 면제되므로, 해당 통행료에 대한 부가가치세는 매입세액 공제 대상이 아닙니다. 하이패스 이용료 역시 동일하게 공제받을 수 없습니다.
민자 고속도로 등 과세 사업자: 한국도로공사 외의 사업자(민자 고속도로 운영사 등)가 징수하는 통행료는 부가가치세가 과세됩니다. 이러한 경우, 해당 사업자로부터 세금계산서를 발급받거나 부가가치세가 별도로 기재된 신용카드매출전표를 수취하면 매입세액 공제가 가능합니다. 다만, 비영업용 소형승용자동차의 유지비로 불공제되는 경우는 제외됩니다.
매입세액 공제를 받기 위해서는 반드시 세금계산서 또는 적격 증빙을 수취해야 합니다. 민자 고속도로 운영사의 경우, 홈페이지 등을 통해 세금계산서 발급 신청 절차를 확인하시기 바랍니다.