법인 명의로 임차하고 법인이 임차보증금을 부담했으며, 해당 사택을 출자 임원이 이용하는 경우, 임차보증금에 대해 부당행위계산 부인이 적용되지 않을 가능성이 높습니다.
이는 법인세법 시행령 제88조 제1항 제6호 나목 및 같은 법 시행규칙 제15조의2에 따라, 법인이 직접 임차하여 임원 또는 사용인에게 무상으로 제공하는 주택(임차사택)의 경우, 부당행위계산 부인 규정의 적용이 배제되기 때문입니다. 따라서 이 경우 임차보증금에 대한 이자 상당액을 계산하여 사택 제공 이익으로 간주할 필요는 없습니다.
또한, 법인세법 시행령 제50조 제1항 제2호는 출자임원 또는 그 친족이 사용하는 사택의 유지비, 관리비, 사용료와 이와 관련된 지출금을 업무와 관련 없는 비용으로 규정하고 있습니다. 그러나 이는 사택의 유지비, 관리비, 사용료 등에 대한 내용이며, 법인이 부담한 임차보증금 자체를 업무무관 비용으로 보기는 어렵습니다. 임차보증금은 법인의 자산으로 처리되며, 사택 제공으로 인한 이익은 별도로 과세될 수 있습니다.
다만, 이는 일반적인 원칙이며, 구체적인 계약 내용, 사택 제공의 실질 등 사실관계에 따라 과세 여부가 달라질 수 있으므로, 정확한 판단을 위해서는 세무 전문가와 상담하시는 것이 좋습니다.