부가가치세 대리납부 시, 용역을 공급받는 자가 해당 비거주자 또는 외국법인이 부담해야 할 국내원천소득법인세와 주민세를 대신 부담하는 경우, 그 법인세 및 주민세 상당액은 용역의 대가에 포함되어 과세표준에 산입됩니다. 따라서 해당 금액을 포함하여 부가가치세를 대리납부해야 합니다.
다만, 대법원 판례에 따르면, 원천세의 실질이 용역 제공과 대가관계에 있지 않다면 부가가치세 과세표준에 포함되지 않을 수 있습니다. 또한, 해외카드사에 지급하는 분담금 등이 상표권 사용료가 아닌 용역 제공의 대가이고, 해당 용역이 해외에서 제공된 것으로 볼 수 있다면 부가가치세 대리납부 대상이 아닐 수 있다는 주장도 있습니다. 이 경우, 실제 환급된 원천징수분 법인세액은 과세표준에서 제외될 수 있습니다.