원천수정신고를 했는데 정기신고분 소득세를 납부했다면, 가산세는 추가되는 금액만 가산하면 되는 건가요?

네, 맞습니다. 원천징수 수정신고 시 추가로 납부해야 할 세액이 있다면, 해당 추가 납부 세액에 대해서만 가산세가 적용됩니다. 이미 정기 신고 시 납부한 세액은 제외하고, 추가로 납부해야 할 금액에 대해서만 납부지연가산세 등을 계산하여 적용하시면 됩니다.

만약 수정신고를 통해 환급이 발생하는 경우에는 가산세가 발생하지 않습니다. 다만, 환급받을 금액은 다음 달 원천세 신고 시 '당월조정환급세액' 칸에 입력하여 반영해야 합니다.