연구기관의 연구보조원에게 지급하는 연구보조비가 소득세 비과세 대상이 되는지는 해당 연구보조원이 '연구활동에 직접 종사하는 자'에 해당하는지에 따라 달라집니다.
비과세 대상이 되는 경우:
「특정연구기관육성법」의 적용을 받는 연구기관, 특별법에 따라 설립된 정부출연연구기관, 「지방자치단체출연 연구원의 설립 및 운영에 관한 법률」에 따라 설립된 지방자치단체출연연구원에서 연구활동에 직접 종사하는 자(대학교원에 준하는 자격을 가진 자에 한함) 및 직접적으로 연구활동을 지원하는 자로서 기획재정부령으로 정하는 자가 받는 연구보조비 또는 연구활동비 중 월 20만원 이내의 금액은 비과세 대상입니다.
「기술개발촉진법 시행령」 제15조제1항제1호 또는 제3호에 따른 중소기업 또는 벤처기업의 기업부설연구소에서 연구활동에 직접 종사하는 자가 받는 연구보조비 또는 연구활동비 중 월 20만원 이내의 금액도 비과세 대상입니다.
비과세 대상이 아닌 경우:
연구기관의 행정부서 근무자, 연구소 소속이지만 연구소 행정사무를 담당하는 자, 연구활동을 전담하지 않고 타 부서 업무를 겸직하는 자, 연구소·전담부서를 등록하지 않은 상황에서 연구를 수행하는 자 등은 연구활동에 직접 종사하는 자로 보기 어려워 비과세 혜택을 받을 수 없습니다.
연구소장은 연구원들의 연구 방향 지시 및 성과 파악 등 관리 업무만 수행하는 경우 비과세 대상에서 제외될 수 있습니다. 개별 과제를 직접 수행하거나 실질적으로 연구를 감독하는 경우에만 공제 대상이 될 수 있습니다.
따라서 연구보조원에게 지급되는 연구보조비가 비과세 대상인지 여부는 해당 보조원의 구체적인 업무 내용과 소속 기관의 성격 등을 종합적으로 고려하여 판단해야 합니다.