ISA 계좌에서는 매매차익과 배당수익 모두 손익통산 후 순수익에 대해 과세가 적용됩니다. 일반형 ISA의 경우 순수익 200만 원까지 비과세되며, 이를 초과하는 금액에 대해서는 9.9%의 세율로 분리과세됩니다. 서민형 ISA의 경우 비과세 한도가 400만 원까지 적용됩니다.
ISA 계좌의 가장 큰 장점 중 하나는 계좌 내에서 발생하는 모든 투자 수익(이자, 배당, 매매차익 등)을 합산하여 최종 순수익에 대해서만 과세한다는 점입니다. 또한, 다른 과세 대상 금융상품에서 발생한 손실도 통산하여 과세 대상 소득을 줄일 수 있습니다. 따라서 매매차익만 비과세되고 배당수익에 대해서만 과세되는 것이 아니라, 계좌 내 모든 수익과 손실을 종합적으로 고려하여 최종 순수익에 대해 세금이 부과됩니다.