통합고용세액공제는 최초 공제받은 과세연도 종료일부터 2년간 사후 관리가 이루어집니다. 이 기간 동안 상시근로자 수가 최초 공제연도보다 감소하면 세액공제가 중단되고 기 공제받은 금액이 추징될 수 있습니다.
2년의 사후관리 기간이 지난 후에는 다시 공제를 신청할 수 있습니다. 다만, 2025년부터는 고용증대세액공제가 통합고용세액공제로 개편되었으며, 개편된 제도 하에서는 고용 유지 시 혜택이 강화되고 관리 부담이 완화되는 방향으로 변경되었습니다. 따라서 2025년 이후 공제를 신청하시는 경우, 개편된 통합고용세액공제 규정을 적용받게 됩니다.