사업의 포괄 양도 시, 부가가치세 대리납부 절차는 다음과 같습니다.
사업 양수자의 대리납부: 사업 양수자는 사업 양도자에게 대가를 지급할 때 부가가치세를 직접 지급하지 않고, 해당 대가를 지급하는 날이 속하는 달의 다음 달 25일까지 사업장 관할 세무서장에게 직접 납부해야 합니다. 이때 '부가가치세 대리납부신고서'를 함께 제출해야 합니다.
사업 양도자의 처리: 사업 양수자가 부가가치세를 대리납부하는 경우, 사업 양도자는 재화의 공급으로 간주되므로 대리납부일이 속한 달의 다음 달 10일까지 매출세금계산서를 발급해야 합니다. 대리납부된 부가가치세액은 사업 양도자의 부가가치세 신고 시 '사업양수자의 대리납부 기납부세액'란에 기재하여 매출세액에서 공제받을 수 있습니다.
사업 양수자의 매입세액 공제: 사업 양수자가 대리납부한 부가가치세는 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 부담한 매입세액에 해당하므로, 부가가치세 신고 시 매출세액에서 공제받을 수 있습니다. 만약 대리납부 후 환급세액이 발생하는 경우, 예정신고, 확정신고 또는 조기환급 신고기한이 지난 후 15일 이내에 사업자에게 환급됩니다. 따라서 사업 양수자는 대리납부한 부가가치세에 대해 조기환급 요건을 충족하는 경우, 조기환급을 신청할 수 있습니다.
주의사항: 사업의 포괄 양도 여부가 불분명한 경우에도 대리납부 제도를 활용할 수 있습니다. 다만, 포괄양수도 요건을 충족하지 못했음에도 포괄양도로 처리하거나, 요건을 충족했음에도 세금계산서를 발급하는 등의 경우 가산세가 부과될 수 있으므로 정확한 판단이 중요합니다.