2025년 2월에 발급한 1,100만원 세금계산서 중 550만원만 입금되고 나머지 550만원에 대해 마이너스 세금계산서를 발급하는 것은 적법하지 않으며, 가산세가 부과될 수 있습니다.
세금계산서는 재화나 용역의 공급을 기준으로 발행되는 것이 원칙이며, 단순한 대금 미회수는 수정세금계산서 발급 사유에 해당하지 않습니다. 부가가치세법 시행령 제21조에 따라 수정세금계산서는 계약 해제, 환입, 공급가액 변동 등 거래 자체가 변경된 경우에만 발행 가능합니다.
미수금 발생 시에는 마이너스 세금계산서 발행 대신 '대손세액공제' 제도를 통해 부가가치세를 환급받을 수 있습니다. 대손세액공제를 받기 위해서는 거래처의 파산, 강제집행, 소멸시효 경과 등 회수가 불가능하다는 객관적인 사유가 발생해야 하며, 해당 사유가 확정된 날이 속하는 과세기간에 신청해야 합니다. 대손세액공제를 신청하면 부가가치세 납부세액에서 차감하거나 환급받을 수 있습니다.
만약 적법한 사유 없이 마이너스 세금계산서를 발행하여 매출을 임의로 줄일 경우, 공급가액의 2%에 해당하는 세금계산서 불성실 가산세가 부과될 수 있습니다. 또한, 매출처별 세금계산서 합계표 미제출 및 과소신고 가산세 등이 연쇄적으로 발생할 수 있으며, 이는 세무조사 대상 선정 가능성을 높일 수 있습니다.