특수관계인으로부터 자기주식을 시가보다 낮은 가액으로 취득하는 경우, 법인세법상 부당행위계산의 부인 규정이 적용될 수 있습니다. 이 경우, 시가와 실제 취득가액의 차액은 법인의 익금에 산입되어 법인세가 과세될 수 있으며, 해당 금액은 유보로 소득 처분됩니다. 추후 해당 자기주식을 소각하거나 처분할 때, 이전에 익금산입(유보)되었던 금액은 손금산입(△유보)되어 세무조정이 이루어집니다.
다만, 자기주식을 소각할 목적으로 취득하는 경우에는 원칙적으로 자본거래로 보아 세무상 익금이나 손금으로 처리되지 않으나, 부당행위계산의 부인 규정이 적용되는 예외적인 경우에는 과세 문제가 발생할 수 있습니다.