부당한 목적의 조사: 세무조사가 과세자료 수집이나 신고 내용 검증이라는 본래 목적이 아닌, 부정한 목적을 위해 행해진 경우입니다. 예를 들어, 개인적인 이익을 위해 특정 납세자를 압박하거나 분쟁을 해결하기 위한 수단으로 세무조사가 이용된 경우입니다.
재조사 금지 위반: 원칙적으로 같은 세목 및 같은 과세기간에 대해 재조사가 금지되나, 조세탈루의 명백한 혐의, 거래 상대방 조사 필요 등 법령에서 정한 예외 사유 없이 재조사를 실시하는 경우입니다. 감사원의 지적만으로 2차 세무조사가 가능하다고 보는 것은 납세자의 권리를 침해할 수 있습니다.
조사 범위의 부당한 확대: 조사 대상 세목 및 과세기간의 과세표준과 세액 계산과 관련 없는 장부 제출을 요구하거나, 명확한 탈루 혐의 없이 조사 대상 기간을 임의로 확대하는 경우입니다.
절차 위반: 납세자의 동의 없이 컴퓨터를 불법 수색하거나 자료를 압수하는 등 적법한 절차를 따르지 않은 경우입니다. 다만, 세무조사 절차 위반이 있더라도 과세처분 자체가 반드시 위법하다고 보기는 어려울 수 있습니다.
이러한 조사권 남용은 납세자의 영업 활동, 사생활의 평온, 재산권을 침해할 수 있으며, 과세권의 중립성과 공공성을 의심받게 할 수 있습니다.