재개발조합의 공통손금 안분 시, 법인세법 시행규칙 제76조에 따라 원칙적으로 수익사업과 비수익사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분하는 것이 일반적입니다. 다만, 이러한 매출액 기준 적용이 불합리한 경우에는 사용 면적 외에 다른 합리적인 기준을 적용할 수 있습니다.
대법원 판례에 따르면, 재건축아파트의 경우 일반분양가의 경우 사전에 감독관청의 승인을 얻어 적정하게 산정되는 반면, 조합원 분양가의 경우 조합원 의결을 거쳐 비교적 낮게 산정되는 경우가 있어, 공통손금을 일률적으로 분양가액에 비례하여 안분하는 것이 합리적이지 않다고 판단한 바 있습니다. 이러한 경우 분양면적 비율을 기준으로 안분하는 것이 합리적이라고 보았습니다. (대법원 2011.7.14. 선고 2008두17479 판결)
따라서, 매출액 기준이 불합리하다고 판단될 경우, 분양면적 비율 외에도 각 사업의 특성과 구체적인 사실관계를 고려하여 가장 합리적이라고 판단되는 기준을 적용할 수 있습니다. 다만, 세무 당국은 이러한 안분 기준의 합리성에 대해 검토할 수 있으므로, 명확한 근거 자료를 갖추는 것이 중요합니다.