두 회사 중 한 회사만 연말정산을 했다면, 나머지 근무지의 소득만 종합소득세 신고를 하면 되나요?

네, 맞습니다. 두 회사 중 한 회사에서만 연말정산을 하셨다면, 연말정산을 하지 않은 나머지 근무지의 소득에 대해서만 종합소득세 신고를 진행하시면 됩니다.

일반적으로 연말정산은 근로소득에 대한 세금을 최종 정산하는 절차입니다. 만약 여러 회사에서 근무하여 소득이 발생한 경우, 최종적으로 근무한 회사에서 모든 소득을 합산하여 연말정산을 진행하는 것이 원칙입니다. 하지만 질문자님의 경우처럼 한 회사에서만 연말정산을 하셨다면, 연말정산이 이루어지지 않은 다른 근무지의 소득은 별도로 종합소득세 신고 기간(매년 5월)에 직접 신고해야 합니다.

이는 연말정산 시 누락된 소득에 대해 정확한 세액을 계산하고 납부하기 위함입니다. 종합소득세 신고 시에는 연말정산을 하지 않은 근무지의 근로소득 원천징수영수증 등을 준비하여 신고하시면 됩니다.