정비사업조합은 「도시 및 주거환경정비법」 또는 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따라 설립된 경우, 법인세법상 비영리내국법인으로 간주되어 법인세법이 적용됩니다. 다만, 「조세특례제한법」 제104조의7에 따라 다음과 같은 과세 특례가 적용됩니다.
비영리내국법인으로서의 법인세 적용: 정비사업조합은 원칙적으로 비영리내국법인으로 보아 법인세법을 적용받습니다. 이는 수익사업에서 발생한 소득에 대해서만 법인세가 과세됨을 의미합니다.
수익사업 범위 제외: 조합원에게 종전의 토지를 대신하여 토지 및 건축물을 공급하는 사업은 「법인세법」 제4조 제3항에 따른 수익사업에서 제외됩니다. 따라서 이 부분에서 발생하는 소득에 대해서는 법인세가 과세되지 않습니다.
공동사업장 및 공동사업자 간주 (전환정비사업조합): 2003년 6월 30일 이전에 설립된 재건축조합으로서 「도시 및 주거환경정비법」에 따라 법인으로 등기한 전환정비사업조합의 경우, 법인세법에도 불구하고 소득세법상 공동사업장 및 공동사업자로 보아 소득세법을 적용받을 수 있습니다. 단, 이 경우에도 법인세법에 따라 신고하는 경우에는 해당되지 않습니다.
재화의 공급으로 보지 않는 경우: 정비사업조합이 관리처분계획에 따라 조합원에게 종전 토지를 대신하여 공급하는 토지 및 건축물은 「부가가치세법」상 재화의 공급으로 보지 않아 부가가치세가 과세되지 않습니다.