1주택자로서 기준시가 12억원 이하 주택에서 발생한 월세 소득이 연 2천만원을 초과하는 경우, 해당 소득은 비과세 대상이 아닙니다. 이는 현행 세법 규정에 따른 것으로, 법 개정 사항이나 질문자님께서 잘못 알고 계신 부분이 아닙니다.
주택임대소득에 대한 비과세는 연간 총수입금액이 2천만원 이하인 경우에 적용됩니다. 따라서 질문자님의 경우처럼 2천만원을 초과하는 월세 소득은 다른 종합소득(근로소득 등)과 합산하여 종합소득세 신고를 하셔야 합니다.
종합소득세 신고 시 비과세 선택 칸이 없었던 이유는, 질문자님의 임대소득이 비과세 요건을 충족하지 못하기 때문입니다. 2천만원을 초과하는 임대소득은 종합과세 대상이므로, 해당 소득을 다른 소득과 합산하여 정확한 세액을 계산하고 신고하는 것이 중요합니다.