환급 신청을 하셨으나 오히려 세금을 더 납부해야 하는 상황이 발생한 경우, 이는 일반적으로 경정청구 또는 수정신고 절차를 통해 해결될 수 있습니다. 만약 최초 신고 시 공제받지 못한 항목이 있어 경정청구를 하였는데, 그 과정에서 세액이 오히려 증가했다면, 이는 새로운 부과처분으로 간주될 수 있습니다. 이 경우, 해당 부과처분이 당연무효가 되거나 취소되지 않는 한, 직접적으로 민사소송을 통해 환급받을 세액의 지급을 청구하기는 어렵습니다. 대신, 해당 부과처분의 효력을 다투거나, 부과처분에 따라 추가 납부해야 할 세액을 정확히 산정하여 납부하는 절차를 진행해야 합니다.
또한, 연말정산 시 과다하게 공제받은 경우, 종합소득세 과세표준 확정신고 전이라면 홈택스를 통해 과다 공제된 항목을 수정하여 추가 납부할 수 있습니다. 확정신고 이후 단계라면, 원천징수의무자를 통한 연말정산 수정신고 또는 주소지 관할 세무서에 종합소득세 과세표준 확정신고를 통해 수정신고하고 추가 납부해야 합니다. 이 경우, 법정 신고기한 경과 후 2년 이내에 수정신고하고 추가 납부할 세액을 자진 납부하면 과소신고가산세 또는 초과환급신고가산세를 경감받을 수 있습니다.