종합소득이 있는 경우 중소기업 취업자 소득세 감면 계산 시, 감면 대상 총급여액은 해당 중소기업으로부터 받은 근로소득만을 의미합니다. 사업소득 수입금액은 포함되지 않습니다.
감면세액 계산 시, '산출세액 × (감면 대상 중소기업 총급여액 / 해당 근로자의 총급여액) × 감면율' 공식을 적용하며, 여기서 '해당 근로자의 총급여액'은 근로소득뿐만 아니라 다른 종합소득까지 포함한 금액을 의미합니다. 하지만 감면 대상이 되는 총급여액은 오직 감면 대상 중소기업에서 발생한 근로소득에 한정됩니다.
또한, 감면세액 계산 후 근로소득세액공제액을 계산할 때도 위와 같이 계산된 감면세액을 적용하게 됩니다. 중소기업 취업자 소득세 감면은 연간 최대 200만원 한도가 적용됩니다.