부두사용료(Wharfage)는 일반적으로 부가가치세 면세 용역에 해당하여 세금계산서에서 제외되고 비고란에 기재됩니다.
이는 국가 또는 지방자치단체가 제공하는 용역으로, 부가가치세법상 영세율 세금계산서 발행 대상이 아니기 때문입니다. 만약 부두사용료를 포함하여 세금계산서를 발행하면 지방세에 다시 세금을 부과하는 이중과세 문제가 발생할 수 있습니다.
다만, 국제복합운송주선업자가 화주로부터 받은 운임 등에 부두사용료가 포함된 경우, 해당 부두사용료는 부가가치세 과세표준에 포함되지 않는다는 국세청 유권해석이 있습니다. 이 경우에도 세금계산서 비고란에 기재되거나 간이 세금계산서 또는 입금표가 발행될 수 있습니다.