회사가 직원에게 연말정산 결과 지급해야 할 환급세액이 발생하는 경우, 회사는 해당 금액을 향후 납부할 원천세에서 차감하거나 세무서에 직접 환급을 신청하여 돌려받을 수 있습니다.
직원이 퇴사하여 연말정산을 진행하는 경우에도, 퇴직한 달의 급여를 지급할 때 환급세액이 발생하면 이를 함께 지급해야 합니다. 만약 회사가 직원에게 지급해야 할 환급세액을 지급하지 않으면, 세법상 이를 강제할 수단은 없습니다. 따라서 직원은 전 근무지로부터 직접 환급을 받아야 하며, 현 근무지나 세무서에서 대신 환급받을 수는 없습니다.