연말정산 시 원천징수된 세액은 종합소득세 신고 시 기납부세액으로 반영되어 최종 납부할 세액에서 공제됩니다.
근로소득이 있는 경우, 회사는 근로자에게 급여를 지급할 때마다 소득세법에 따라 예상 세액을 미리 징수하여 납부합니다. 이를 원천징수라고 합니다. 연말정산은 이렇게 1년 동안 원천징수한 세액을 실제 확정된 세액과 비교하여 정산하는 절차입니다. 따라서 연말정산 결과, 이미 납부한 원천징수 세액이 실제 납부해야 할 세액보다 많으면 초과 납부한 금액을 환급받게 되고, 적으면 추가로 납부해야 합니다.
만약 근로소득 외에 다른 종합소득(이자, 배당, 사업, 연금, 기타 소득 등)이 있어 종합소득세 확정신고를 해야 하는 경우에도, 연말정산으로 이미 납부한 근로소득세는 종합소득세 산출세액에서 공제되는 기납부세액으로 처리됩니다. 이를 통해 이중 과세를 방지하고 납세자의 편의를 도모합니다.