직원에 대한 주택자금 대여 시 적용되는 이자율은 법인세법상 부당행위계산 부인 규정에 따라 시가(정상적인 거래에서 적용될 것으로 예상되는 이자율)를 기준으로 판단합니다. 다만, 중소기업에 근무하는 직원에 대한 주택구입 또는 전세자금 대여의 경우, 법인세법 시행규칙 제44조에 따라 인정이자를 계산하지 않는 특례가 적용될 수 있습니다. 이 특례는 대여 당시 중소기업에 해당하면 적용되며, 이후 일반기업으로 전환되더라도 대여 계약의 상환기일까지는 부당행위계산 부인이 적용되지 않습니다.
만약 해당 특례가 적용되지 않는 경우, 법인세법 제52조 및 같은 법 시행령 제88조에 따라 시가보다 낮은 이율로 대여하는 경우 부당행위계산으로 간주되어 해당 차액에 대해 법인세가 과세될 수 있습니다. 시가는 일반적으로 국세청장이 정하는 가이드라인이나 금융기관의 일반적인 대출 이자율 등을 참고하여 판단합니다.