네, 종합소득세 신고 시 장부상 미반영된 간주임대료 1,000원을 총수입금액조정명세서에 반영하고 세무조정으로 총수입금액산입 처리하시면 됩니다.
귀하께서 제시하신 회계처리(세금과공과 100원, 부가세예수금 100원)는 부가가치세 신고 시 간주임대료에 대한 부가세를 처리한 것으로 보입니다. 하지만 종합소득세 신고 시에는 간주임대료 1,000원 전체를 총수입금액에 산입해야 합니다.
따라서, 총수입금액조정명세서에 간주임대료 1,000원을 총수입금액으로 산입(익금산입)하는 세무조정을 통해 반영하시면 됩니다. 이는 장부상에 반영되지 않은 간주임대료를 세법에 따라 총수입금액에 포함시키는 절차입니다.