지입차량 소유자의 세금 관리는 일반적으로 지입 회사에서 직접 처리하지 않습니다. 지입 회사는 차량의 명의를 대여하고 운행을 관리하며, 그 대가로 지입료를 수취합니다. 이 지입료에 대해 지입 회사는 부가가치세 및 법인세 납세 의무가 있습니다.
차량 유지비 등 실제 차량 소유주(지입차주)가 부담하는 비용은 지입 회사의 장부에 손금으로 계상될 경우, 세법상 손금불산입 대상이 될 수 있으며, 이는 실질 귀속자에게 소득으로 처분될 수 있습니다. 또한, 지입차주가 직접 거래처에 지불한 유류대금, 타이어대금 등에 대한 세금계산서를 발급받았다면, 이는 지입차주 본인의 매입세액 공제 대상이 될 수 있습니다. 지입 회사가 이를 직접 공제받는 것은 원칙적으로 어렵습니다.
과거 부가가치세 환급금이 지입 회사에 발생했더라도, 이를 지입차주에게 제대로 환급하지 않고 회사가 보유하는 경우, 해당 환급금의 사용처와 세무 처리에 대한 적법성 검토가 필요할 수 있습니다. 이는 지입 회사와 지입차주 간의 계약 내용 및 실제 거래 관계에 따라 달라질 수 있습니다.