이월결손금을 공제받지 않는 경우, 해당 이월결손금은 다음 과세기간으로 이월되어 계속 공제받을 수 있습니다. 다만, 추계신고를 하거나 추계조사결정을 하는 경우에는 원칙적으로 이월결손금을 공제받을 수 없습니다. 그러나 천재지변 등 불가항력으로 인해 장부나 증명서류가 멸실되어 추계신고 또는 추계조사결정을 하는 경우에는 예외적으로 이월결손금 공제가 가능합니다.
또한, 부동산임대업(주거용 건물 임대업 제외)에서 발생한 결손금은 해당 부동산임대사업에서만 공제 가능하며, 다른 사업장의 소득이나 다른 종합소득과 통산할 수 없습니다. 하지만 주거용 건물 임대업에서 발생한 결손금은 2014년부터 일반사업소득과 동일하게 다른 종합소득과 통산하여 공제받을 수 있습니다.
국세부과제척기간이 지난 후에 이월결손금이 확인된 경우에는 공제받을 수 없습니다.