발주처 명의의 공과금을 대신 납부하고 나중에 기성으로 청구하는 경우, 세금계산서 발행은 일반적으로 어렵습니다. 세금계산서는 재화 또는 용역을 실제로 공급하는 사업자가 그 공급을 받는 자에게 발급하는 것이 원칙입니다. 공과금 납부는 용역의 공급이 아니므로, 이를 대신 납부하고 세금계산서를 발행하는 것은 부가가치세법상 문제가 될 수 있습니다.
이러한 경우, 실제 비용 부담자인 발주처가 해당 공과금에 대한 매입세액 공제를 받을 수 있도록 처리하는 것이 중요합니다. 따라서 대신 납부한 금액은 매출로 인식하기보다는, 발주처로부터 해당 금액을 회수하는 방식으로 처리하고 관련 증빙(입금증 등)을 갖추는 것이 일반적입니다.
만약 계약상 기성금에 공과금 대납액이 포함되어 있다면, 발주처와의 계약 내용을 명확히 하여 실제 공사 용역 대가와 구분하고, 공과금 대납액에 대해서는 별도의 정산 절차를 따르는 것이 바람직합니다.