통합고용세액공제(개정 전)와 고용증대세액공제 모두 추징 사유 발생 시, 이월된 세액공제액에서 먼저 차감하여 납부하는 방식으로 처리됩니다. 즉, 추징액만큼 공제받을 수 있는 이월액이 줄어들게 됩니다.
다만, 통합고용세액공제는 추징 시 이월된 세액공제액이 있는 경우 해당 금액을 차감한 후의 금액을 납부하지만, 고용증대세액공제는 이월된 세액공제액에서 차감하는 규정이 명시적으로 없어 공제받은 금액을 먼저 납부하는 것으로 해석될 수 있습니다. 따라서 통합고용세액공제가 사후관리 규정에 있어 상대적으로 완화된 측면이 있습니다.