「가축분뇨의 관리 및 이용에 관한 법률」에 따라 허가 또는 신고를 하고 가축분뇨 수집·운반 및 처리업을 영위하는 경우, 이는 「부가가치세법 시행령」 제35조 제10호에 따른 의료보건용역의 범위에 해당하여 부가가치세가 면제됩니다.
따라서 이 용역에 대한 매입세액은 공제받을 수 없습니다.
2. 비료 생산·판매업:
「비료관리법」에 따라 비료생산업으로 등록하고 수집한 가축분뇨를 이용하여 비료를 생산하여 판매하는 경우에는 부가가치세가 과세되는 재화에 해당합니다.
3. 과세사업과 면세사업 겸영 시 매입세액 안분:
가축분뇨 처리업(면세)과 비료 생산·판매업(과세)을 겸영하는 경우, 자원화시설 설치 등과 관련하여 부담한 매입세액은 「부가가치세법」 제40조에 따라 실지 귀속에 따라 구분하고, 구분할 수 없는 공통매입세액은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준에 따라 안분하여 계산해야 합니다.
사업자가 자기 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세는 「부가가치세법」 제39조에서 정하는 경우를 제외하고는 매입세액 공제가 가능합니다.
4. 위탁 살포 수수료:
가축분뇨를 직접 살포하지 않고 위탁업체를 통해 살포하고 수수료를 지급하는 경우에도, 해당 수수료는 사업 관련 매입세액으로 보아 위에서 설명한 안분 및 공제 기준을 동일하게 적용받을 수 있습니다.
참고:
「부가가치세법 기본통칙 12-29-1」에 따르면, 가축분뇨 등으로 과세되는 재화를 제조하여 공급하는 경우는 면세하는 기타 의료보건위생용역에 해당하지 않습니다.