고용증대세액공제 적용 후 상시근로자 수가 감소하여 추가 납부세액이 발생하는 경우, 세금계산서 작성 및 신고 시 다음과 같은 사항에 유의해야 합니다.
추가 납부 발생 요건 확인: 고용증대세액공제를 받은 과세연도 종료일부터 2년이 되는 날이 속하는 과세연도 종료일까지의 기간 중 상시근로자 수가 최초 공제받은 과세연도보다 감소하면 추가 납부세액이 발생합니다. 특히, 전체 상시근로자 수는 유지되거나 증가했더라도 청년 등 상시근로자 수가 최초 공제연도보다 감소한 경우에도 추가 납부세액이 발생할 수 있습니다.
추가 납부세액 계산: 추가 납부세액은 공제받은 세액을 한도로 계산됩니다. 구체적인 계산은 감소한 상시근로자 수 및 청년 등 상시근로자 수에 따라 달라지며, 관련 법령(조세특례제한법 제29조의7 및 시행령 제26조의7)에 따른 산식을 적용해야 합니다.
신고 및 납부: 추가 납부세액은 법인세 신고 시 '공제감면세액 및 추가납부세액합계표(을)' 서식에 반영하여 신고하고 납부해야 합니다. 이 경우 별도의 가산세는 적용되지 않습니다.
이월공제와의 관계: 최저한세 적용 등으로 공제받지 못하고 이월된 세액이 있는 경우, 추가 납부세액 발생 시 실제 공제받은 세액 범위 내에서 먼저 공제하고 남은 금액은 이월된 세액에서 차감하게 됩니다.
중복지원 배제: 고용증대세액공제는 다른 세액감면·공제와 중복 적용이 가능하지만, 외국인투자 관련 감면 등 일부 항목과는 중복 적용이 배제되거나 공제액이 조정될 수 있으므로 주의해야 합니다.