중도 퇴사자가 연말정산을 통해 소득세를 환급받았다고 해서 기납부세액이 0원이 되는 것은 아닙니다.
기납부세액은 해당 직원이 퇴사하는 달까지 회사에서 원천징수한 세액의 총합을 의미합니다. 연말정산은 이 기납부세액을 기준으로 최종 결정세액과 비교하여 납부할 세액이 있는지, 혹은 환급받을 세액이 있는지를 결정하는 과정입니다.
따라서, 연말정산 결과 환급액이 발생했다는 것은 결정세액이 기납부세액보다 적다는 의미이며, 기납부세액 자체는 실제 원천징수된 금액으로 존재합니다. 중도 퇴사자의 근로소득 원천징수영수증에는 실제 원천징수된 기납부세액이 기재되어 있으며, 이를 바탕으로 종합소득세 신고 시 누락된 공제 항목을 반영하여 최종 세액을 계산하게 됩니다.
만약 퇴사 시 회사에서 연말정산을 진행했고, 그 결과 환급받을 세액이 있었다면, 이는 5월 종합소득세 신고 시에도 반영하여 최종 정산할 수 있습니다.