비영리사단법인의 산하기관이 주최하는 사업에 대한 수수료를 비영리사단법인 계좌로 받는 경우, 해당 수수료가 재화 또는 용역의 공급에 대한 대가로 지급되는 것이라면 부가가치세가 과세될 수 있습니다.
비영리법인이라 할지라도 과세 대상 사업을 추가로 영위하는 경우에는 부가가치세 납세 의무가 발생합니다. 협회비, 찬조비, 특별회비 등이 재화나 용역의 공급에 대한 대가 관계없이 받는 경우에는 과세 대상이 아니지만, 시설물 사용료 명목으로 받는 경우 등 대가 관계가 있는 경우에는 과세 대상이 됩니다.
따라서, 산하기관이 주최하는 사업과 관련하여 받는 수수료가 어떤 성격인지에 따라 부가가치세 과세 여부가 결정됩니다. 만약 해당 수수료가 사업 수행에 따른 대가로 지급되는 것이라면, 비영리사단법인은 사업자 등록을 하고 부가가치세를 신고 및 납부해야 할 의무가 발생할 수 있습니다.