종합소득세는 환급받고 농어촌특별세 106,590원만 납부된 상황이라면, 일반적으로는 제대로 신고된 것으로 볼 수 있습니다. 이는 종합소득세 신고 시 세액공제 등으로 인해 납부할 세액이 줄어들어 환급이 발생했지만, 농어촌특별세는 별도로 납부해야 하는 경우에 해당하기 때문입니다.
농어촌특별세는 「조세특례제한법」에 따라 종합소득세 등에서 비과세, 세액면제, 세액감면, 세액공제 또는 소득공제를 받는 경우에 납부 의무가 발생합니다. 다만, 농어촌특별세법에서 정한 비과세 대상에 해당하는 경우에는 납부하지 않아도 됩니다.
만약 종합소득세 환급액이 농어촌특별세 납부세액보다 많다면, 국세환급금충당청구서를 작성하여 관할 세무서에 제출함으로써 종합소득세 환급액으로 농어촌특별세 납부액을 충당할 수 있습니다. 이 경우, 충당 청구한 날에 농어촌특별세를 납부한 것으로 간주됩니다.