연말정산과 종합소득세 신고 시 공제 항목의 중복 적용은 원칙적으로 허용되지 않습니다. 이미 연말정산에서 공제받은 항목은 종합소득세 신고 시 다시 공제받을 수 없습니다. 이는 동일한 소득에 대해 이중으로 세금 혜택을 받는 것을 방지하기 위함입니다.
다만, 연말정산 시 누락된 공제 항목이 있거나, 추가적인 공제가 필요한 경우에는 5월 종합소득세 확정신고 기간에 직접 신고하여 반영할 수 있습니다. 이 경우, 연말정산에서 이미 공제받은 항목을 제외하고 누락되거나 추가할 공제 항목만을 반영하여 신고해야 합니다.
예를 들어, 연말정산 시 월세액 공제를 받지 못했다면, 종합소득세 신고 시 관련 증빙 서류를 첨부하여 공제를 신청할 수 있습니다. 하지만 이미 연말정산에서 공제받은 기부금이나 의료비 등은 종합소득세 신고 시 중복하여 공제받을 수 없습니다.