각자 연말정산을 하는 배우자의 실손의료비를 합산하여 연말정산에 반영하는 것은 불가능합니다. 연말정산 시 의료비 세액공제는 본인 또는 기본공제대상자(나이 및 소득 요건을 충족하는 부양가족)를 위해 지출한 의료비에 대해서만 적용됩니다.
따라서 각자 연말정산을 하는 배우자는 본인의 기본공제대상자에 해당하지 않으므로, 배우자 본인의 의료비 지출액은 배우자 본인의 연말정산에서만 공제받을 수 있습니다. 배우자 본인의 의료비 지출액 중 실손의료보험금으로 보전받은 금액을 제외한 실제 본인이 부담한 금액에 대해 세액공제를 신청할 수 있습니다.
만약 배우자 중 한 명이 다른 배우자의 기본공제대상자에 해당된다면(예: 소득이 없고 나이 요건을 충족하는 경우), 기본공제대상자로 등록한 배우자가 해당 배우자의 의료비를 포함하여 공제받을 수 있습니다. 이 경우에도 실손의료보험금으로 보전받은 금액은 공제 대상 의료비에서 차감해야 합니다.