네, 최저한세와 기장세액공제는 별개로 적용됩니다.
기장세액공제는 간편장부 대상자가 복식부기로 기장하여 신고하는 경우 종합소득 산출세액의 일부를 공제해주는 제도입니다. 반면, 최저한세는 기업이 각종 세법상 감면 혜택을 과도하게 적용받아 납부해야 할 세액이 일정 수준 이하로 떨어지는 것을 방지하기 위한 제도입니다.
기장세액공제는 최저한세 적용 대상에 포함되지 않으므로, 기장세액공제를 적용받더라도 최저한세액이 산출세액보다 크다면 최저한세액을 납부해야 합니다. 즉, 기장세액공제는 최저한세와 관계없이 적용받을 수 있는 공제 항목입니다.