임대보증금에서 미납 월세를 차감하는 경우 부가가치세 신고는 어떻게 해야 하나요?

임대보증금에서 미납 월세를 차감하여 부가가치세를 신고하는 경우, 해당 차감 처리가 임대차 계약에 명시되어 있고 그에 따라 실제 보증금에서 미납 월세가 차감되는 것이라면, 차감된 금액을 제외한 보증금에 대해 간주임대료를 계산해야 합니다. 즉, 계약상 약정에 따라 보증금에서 미납 월세를 공제한 금액을 기준으로 간주임대료를 산정하게 됩니다.

하지만 단순히 임대료를 받지 못하여 임의로 보증금에서 상계하는 경우에는 간주임대료 계산 시 임대보증금에서 미납 월세를 차감하지 않습니다. 따라서 계약서에 명확한 약정이 있는지 여부가 중요합니다.

관련 국세청 유권해석 사례:

1. 부가 46015-905, 1998.05.01: 부동산 임대업자가 임대보증금과 매월 임대료를 별도로 받기로 했으나, 중도에 매월 임대료를 임대보증금에서 차감하기로 변경한 경우, 부가가치세 과세표준은 매월의 임대료와 보증금 중 매월 임대료를 순차로 차감한 금액에 대한 간주임대료의 합계액이 됩니다. 다만, 단순히 임대료를 지급받지 못해 임대계약 종료 시 보증금과 상계하는 경우에는 간주임대료 계산 시 임대보증금에서 미납 월세를 차감하지 않습니다.
2. 부가 46015-2338, 1997.10.15 (참조): 임대사업자가 단순히 매월의 임대료를 지급받지 못하여 임대계약 종료 시 지급받지 못한 임대료 전액을 지급할 보증금과 상계처리하는 경우에 대한 내용입니다.

참고: 간주임대료에 대한 부가가치세는 임대인이 부담하는 것이 원칙이나, 임대인과 임차인 간의 약정에 따라 임차인이 부담하는 경우도 있습니다. 다만, 간주임대료에 대한 부가가치세는 누가 부담하든지 세금계산서 발급 의무가 면제됩니다.