연말정산 시 적용되는 소득공제와 종합소득세 신고 시 반영되는 소득공제 금액이 다를 경우, 종합소득세 신고 시 최종적으로 확정된 소득공제 금액이 적용됩니다.
연말정산은 근로소득에 대한 세액을 미리 정산하는 절차이며, 종합소득세 신고는 근로소득 외 다른 소득이 있거나 연말정산에서 누락된 부분이 있을 경우 5월에 최종적으로 확정하는 절차입니다. 따라서 연말정산 후 종합소득세 신고를 통해 소득공제 항목을 다시 검토하고 반영하게 되면, 연말정산 시 계산된 금액과 달라질 수 있습니다.
이 경우, 종합소득세 신고 시 반영된 최종 소득공제 금액을 기준으로 세액이 다시 계산됩니다. 만약 연말정산 때보다 종합소득세 신고 시 소득공제 금액이 늘어나면 추가 환급을 받을 수 있으며, 반대로 줄어들면 추가 납부해야 할 세금이 발생할 수 있습니다.
주요 소득공제 항목으로는 인적공제, 연금계좌공제, 보험료·의료비·교육비·기부금 등 특별세액공제, 주택자금공제 등이 있습니다. 이러한 항목들은 종합소득세 신고 시에도 다시 한번 검토하여 반영할 수 있습니다.