종합소득세 중간예납세액은 다음 해 5월 종합소득세 확정신고 시 기납부세액으로 공제됩니다.
즉, 11월에 미리 납부하신 중간예납세액은 5월에 확정되는 종합소득세 총 결정세액에서 차감되므로, 최종적으로 납부해야 할 세액이 줄어들게 됩니다. 예를 들어, 중간예납으로 100만 원을 납부했고, 다음 해 5월 종합소득세 확정신고 결과 총 납부할 세액이 150만 원으로 결정되었다면, 추가로 납부해야 할 세액은 50만 원이 됩니다.
만약 중간예납세액이 확정신고 시 결정된 총 세액보다 많을 경우에는, 그 차액만큼 환급받을 수 있습니다.