종합소득세 신고 시 이미 받은 혜택(세액공제, 감면 등)이 많을수록 납부해야 할 세금이 줄어들기 때문에, 결과적으로 종합소득세 환급액도 적어지거나 없을 수 있습니다. 종합소득세 환급은 미리 납부한 세금(원천징수세액, 중간예납세액 등)이 실제로 납부해야 할 세금보다 많을 때 발생합니다. 따라서 다양한 공제 및 감면 혜택을 적용받아 최종적으로 납부할 세액이 줄어들면, 이미 납부한 세금과의 차이가 줄어들어 환급액이 감소하게 됩니다.
예를 들어, 3.3% 원천징수되는 소득이 있는 경우, 필요경비와 각종 공제(인적공제, 연금계좌세액공제 등)를 적용하여 최종 세액이 줄어들면 환급받을 수 있는 금액이 줄어들거나 없을 수 있습니다. 또한, 고향사랑기부제와 같이 세액공제 혜택을 받은 경우에도 납부할 세액이 감소하여 환급액에 영향을 미칩니다.