연말정산을 완료한 근로소득자가 다른 소득이 있어 종합소득세 신고를 하는 경우, 연말정산 시 이미 납부한 근로소득세는 종합소득세 신고 시 '기납부세액'으로 반영됩니다.
종합소득세 신고 시에는 근로소득 외 다른 소득(사업소득, 이자소득, 배당소득 등)과 근로소득을 합산하여 총 종합소득금액을 계산합니다. 이 총 종합소득금액에 대해 각종 공제를 적용하여 최종적으로 납부해야 할 종합소득세액(결정세액)을 산출합니다.
이때, 연말정산으로 이미 납부한 근로소득세액은 종합소득세 결정세액에서 차감되는 '기납부세액'으로 공제받게 됩니다. 즉, 연말정산 시 납부한 세금만큼 종합소득세 신고 시 납부할 세액이 줄어들거나, 초과 납부한 경우 환급받을 수 있습니다.
예를 들어, 연말정산 시 근로소득에 대해 300만원의 세금을 납부했고, 다른 소득과 합산하여 종합소득세 신고를 한 결과 최종 결정세액이 400만원이라면, 이미 납부한 300만원을 기납부세액으로 공제받아 100만원만 추가로 납부하면 됩니다. 반대로 결정세액이 250만원이라면, 이미 납부한 300만원이 많으므로 50만원을 환급받게 됩니다.
따라서 연말정산 시 원천징수된 세액은 종합소득세 신고 시 기납부세액으로 공제되어 최종 세액 계산에 반영됩니다.