종합소득세 납부 시 농어촌특별세 환급은 세무서 납부서에 자동으로 반영되지 않습니다. 종합소득세는 환급받을 세액이고 농어촌특별세는 납부할 세액인 경우, 농어촌특별세는 별도로 납부해야 합니다.
다만, 국세환급금충당청구서를 작성하여 종합소득세 확정신고 납부 기한 내에 제출하면, 환급받을 종합소득세액에서 농어촌특별세를 차감하거나 납부할 농어촌특별세액에서 환급받을 종합소득세액을 차감하는 방식으로 충당할 수 있습니다. 이 경우 충당 청구한 금액을 제외한 농어촌특별세만 납부하면 됩니다.