네, 종합소득세 신고 시 발생하는 농어촌특별세는 지방세와 별개로 납부해야 합니다.
농어촌특별세는 농어촌 지역의 경쟁력 강화를 위해 소득세, 법인세, 관세, 취득세, 등록세 등의 감면세액과 법인세, 취득세, 레저세의 과세분에 부과되는 세금입니다. 특히 취득세나 등록세의 경우, 납부해야 할 세액의 100분의 10, 감면세액의 100분의 20이 농어촌특별세로 부과됩니다.
따라서 종합소득세 신고 시 농어촌특별세가 발생하면, 해당 세금은 지방세와 별도로 신고 및 납부해야 합니다.